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Die Reformation wurde in Marienhagen gleichzeitig mit den übrigen Kirchengemeinden des Homburgischen in der Zeit von 1568 - 1570 eingeführt. Die Gemeinde wurde zunächst lutherisch. Als im Jahre 1600 durch Testament des letzten Grafen von Sayn die Herrschaft Homburg in die Hände der Grafen von Sayn-Wittgenstein gelangte, wurde in allen Homburgischen Kirchspielen das reformierte Bekenntnis nach dem damals herrschenden Grundsatze „“Wie der Fürst, so die Religion!“ rücksichtslos durchgeführt. Alles Lutherische wurde aus den Kirchen entfernt. Bilder und Kruzifixe, Schnitzereien und Zieraten verschwanden, und eine große Schlichtheit trat überall in den Gotteshäusern zutage.

Damals wurden die bunten Wandmalereien der Marienhagener Kirche mit Weißkalk überstrichen und sollten von nun an Jahrhunderte im Verborgenen ruhen. Altar und Kanzel wurden im Chor der Kirche mit möglichster Schlichtheit angebracht. Für die protestantische Form des Gottesdienstes wurden an der Turmwand und an den Seitenwänden Emporen errichtet, um die Kirchenbesucher am Sonntag aufzunehmen zu können.

Nach der Einführung der Reformation im Homburgischen übernahm die Landesregierung das Kirchenregiment und damit die Anstellung der Geistlichen. Der lutherische Pfarrer Christan Schnabel übernahm 1569 das Kirchspiel und verwaltete das Kirchengut. Von nun an gab es keinen Ordensbruder mehr im Bereich der Kirchengemeinde.

Aus Chroniken und mündlichen Überlieferungen geht hervor, dass der Graf von Homburg dem Orden das Marienhagener Kirchengut abgekauft hat. Dieser überließ es der Kirchengemeinde mit allen Rechten und Lasten. Dadurch wurde es der Kirchengemeinde ermöglicht, ihre Geistlichen und Lehrer zu besolden und den Armen Zuwendungen zu machen. Der Kirchenbesitz bestand hauptsächlich aus Gütern, Grundstücken und Waldungen, die dem Orden teilweise in früheren Zeiten geschenkt worden waren.

Im nachfolgenden 30jährigen Krieg wurde das Kirchenland jedoch nur sehr mangelhaft bebaut und war fast vollständig entwertet.